в python3-module-toml-0.10.2-alt1 приехали новые зависимости на numpy и компанию: apt> dist-upgrade Calculating Upgrade... Done Unrequested changes are needed to execute this operation. The following packages will be upgraded python3-module-toml The following NEW packages will be installed: libgfortran5 liblapack libopenblas libquadmath0 libxblas python3-module-numpy 1 upgraded, 6 newly installed, 0 removed and 0 kept. Will need more 8227kB of archives. After unpacking will need more 49.2MB of disk space. Do you want to continue? [Y/n] n Abort.
Они не новые. Были введены в коммите f6aa4ee54be19485cf544dbb22fcca65bf7d0f84 ещё в прошлом году. Недавно они временно выключались в связи с бутстрапом питона. FYI: https://github.com/uiri/toml/blob/master/README.rst#note
Начиная с версии 0.10.1-alt1 numpy является runtime зависимостью toml. Для сборки новой версии Python требовалось отключить эту зависимость, это было сделано в 0.10.1-alt2. При обновлении пакета до 0.10.2-alt1 toml вновь требует numpy.
fair enough