Если удалено загруженное ядро, то при установке нового ядра или просто при запуске make-initrd возникают ошибки: # make-initrd make-initrd: /lib/modules/4.9.56-std-def-alt1.1: Not readable
По умолчанию make-initrd генерирует образ для текущего ядра. В вашем случае для этого ядра нет необходимой дирктории и make-initrd не может даже начать выполнение. Если вы хотите сгенерировать образ для другой версии ядра, то нужно указывать эту версию через аргументы.