При попытке использовать русские шрифты (драйвер gif, текст в utf-8) не находятся шрифты. При этом в тексте ошибки указываются пути, по которому якобы не найдены шрифты. Эти пути не имеют ничего общего с теми путями, к которыми пытается обратиться graphviz (если посмотреть вывод strace)
fixed in graphviz-1.12-alt2
btw graphviz uses libgd2, which searches tt fonts in wrong place, so using GDFONTPATH env var is mandatory