При удалении любого файла, находящегося в каталоге, визуально удаляется совершенно другой, а удаляемый оказывается в начале списка. При перезагрузке сочетанием Ctrl+R исправляется.
Исправлено в [#319681] DONE srpm=libgtk4-4.10.3-alt2.src.rpm