После установки системы и извлечения загрузочного usb из компьютера, в bios(uefi) остается пункт загрузки с флешки. Он прописывается после установки на жесткий диск. При повторном подключении флешки меню дублируется.
А вы разные дистрибутивы поустанавливайте, тогда даже свободное место можно исчерпать в EFI.
Я не понял что вы имеете ввиду. Дистрибутив один со своим efi, на втором жестком диске виндовс, со своим efi. Даже без ос впринцыпе, после уствновки, раздел(загрузочной флешки) остаётся биосе.