Немного разобравшись нашёл из-за чего контекстные меню пропадают при движении мыши. Проблема в отсутствии поддержки модуля gtk-layer-shell Чинится добавлением в Spec BuildRequires: libgtk-layer-shell-devel И в %build -Dgtk-layer-shell=enabled
похоже, что новая версия собрана правильно. Если что, сизифовский пакет ставится в p11