Проблема заключается в том, что nVidia для поддержки CUDA для разных видеокарт своего производства использует РАЗНЫЕ API. Так если карта (для примера просто!) nVidia GTX-710, то она поддерживает ТОЛЬКО 477 версию API и ТОЛЬКО ЕЁ. C другой просто не работает, что весьма погано - при смене карты перестают работать задачи. При этом в дистрибутиве ядра ПОЧЕМУ-ТО оставляется только последняя, самая высшая версия API nVidia. Очень неудобно, так как для того, чтобы заработало надо перегружаться на ДРУГОЕ ЯДРО, а хочется всё-таки чтобы работало поновее. Выход есть, но он гадостный, пусть и достаточно простой - необходимо как-то делать модули nVidia карт для всех версий API. Это с одной стороны увеличит дистрибутив ядерных модулей, с другой автоматически впендюренные уже модули будут также автоматически уже перебираться в следующее ядро. Это надо сделать один раз, просто это надо сделать ТОЛЬКО один раз и навсегда и следить за появлением следующих API. Иначе приходится самому собирать весь дистриб ядра и модуля видеокарты для поддержки CUDA. P.S. Все API nVidia есть в открытом доступе на сайте developer.nvidia.com/cuda.
С пакетом nvidia-cuda-toolkit не собираются никакие модули ядра. Это SDK для мэнтейнеров и разработчиков. Ваша же проблема больше связанна с драйверами nvidia, пакет nvidia_glx_libs: https://packages.altlinux.org/ru/sisyphus/srpms/nvidia_glx_libs_550.78/ и модулями для ядра: https://packages.altlinux.org/ru/sisyphus/srpms/kernel-modules-nvidia-std-def/ https://packages.altlinux.org/ru/sisyphus/srpms/kernel-modules-nvidia-un-def/
