1. Не отображаются системные задачи.
Открываем Планировщик заданий KDE:
Шаги воспроизведения:
1. Параметры системы KDE5 > Запуск и завершение > Планировщик заданий
2. Переключаемся на вкладку "системные"
Видим:
Список запланированных задач пустой. 

3. Создаем задачу и сохраняем, при этом вводим пароль root. 
Видим:
Задача отображается в списке и присутствует в /etc/crontab.

4. Повторно открываем список системных задач в Планировщике заданий
Ожидаем увидеть:
Список ранее созданных задач
Видим:
Пустой список (в /etc/crontab все есть). 

5. Добавляем новую задачу
Ожидаем:
Добавление задачи в список к остальным
Результат:
Содержимое файла /etc/crontab будет перезаписано. Старые задачи не сохраняются

Проблема:
В данном случае всему виной права на файл /etc/crontab, указано 600. Пользователь не может видеть список текущих задач, но зная пароль рута, может перезаписать с помощью данной утилиты весь файл.

2. Системные задачи запускаются только под текущим пользователем (игнорируется указанный)

Создаем системную задачу для любого пользователя в планировщике заданий. 
Выбираем задание и нажимаем кнопку "Запустить сейчас"
Ожидание:
Задача запускается от указанного пользователя
Результат:
Задача запускается от текущего пользователя


Предложение:
Ввиду того, что поведение программы Планировщика заданий не очевидное и требует внесения исправлений в права на файл /etc/crontab, предлагаю вовсе убрать вкладку "Системные" из Планировщика заданий.