Версия программы:
=================
xalan-j2-2.7.2-alt1_12jpp11

Стенды с ошибкой, обновлен. до Sisyphus:
========================================
Alt Server 10.2
Alt Workstation 10.2

Согласно информации на сайте https://www.cs.helsinki.fi/group/xmltools/formatters/xalan/xalan-j_2_4_1/docs/commandline.html возможен запуск из командной строки

Прекондишен:
==========================
1. Установить пакеты:
# apt-get install xalan-j2
2. создать файлы:
cat > foo.xml <<EOF
<?xml version="1.0"?>
<doc>Hello</doc>
EOF

cat > foo.xsl <<EOF
<?xml version="1.0"?>
<xsl:stylesheet xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform" version="1.0">
  <xsl:template match="doc">
    <out><xsl:value-of select="."/></out>
  </xsl:template>
</xsl:stylesheet>
EOF

Шаги, приводящие к ошибке:
==========================
1. Запустить команду для конвертации XML документа:
java -classpath /usr/share/java/xalan-j2.jar org.apache.xalan.xslt.Process -IN foo.xml -XSL foo.xsl -OUT /home/test/foo.out

Реальный результат:
===================
Команда выполняется с ошибкой:
(Неизвестное расположение или ошибка)Ошибка XSLT (java.lang.NoClassDefFoundError): org/apache/xml/serializer/SerializerTrace
Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: org/apache/xml/serializer/SerializerTrace
        at org.apache.xalan.xslt.Process.doExit(Process.java:1155)
        at org.apache.xalan.xslt.Process.main(Process.java:1128)

Ожидаемый результат:
====================
Команда выполняется без ошибок, создается foo.out с конвертированным из XML содержимым