Я сейчас вам отправлю письма с вложением и мы проверим так ли это.

Эти, что Вы прислали, не измененные. 
Я сейчас пошлю один и тот же файл из evolution и thunderbird (Это текст в
кодировке KOI8-R). Сохранять вложение нужно не из evolution - она убирает при
сохранении 0d.

Вот так отправляет thunderbird:
--------------030306050200040800050304
Content-Type: text/plain;
 name="test"
Content-Transfer-Encoding: base64
Content-Disposition: inline;
 filename="test"

1MXT1ArUxdPUCtTF09QK
--------------030306050200040800050304--

а вот так - evolution

--=-3KrJKlx9D/Cb8uDk+Dq4
Content-Disposition: attachment; filename=test
Content-Type: text/plain; name=test; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: base64

1MXT1A0K1MXT1A0K1MXT1A0K


--=-3KrJKlx9D/Cb8uDk+Dq4--


Файл в обоих случаях состоит из трех строк:
тест
тест
тест

Reassign to the new maintainer.

Поведение Evolution полностью соответствует RFC 2046, пункт 4.1.1
(Representation of Line Breaks).