Изменить приложения: - Synaptic. Изменить значок. Сходу непонятно, где gnome-software, а где synaptic, возникает путаница. - Расширения. Есть более современный, функциональный и удобый вариант gnome-extension-manager. Предлагаю заменить или добавить к выбору в установщике ОС. - seahorse. Изменить значок (можно на дефолтный, а то монохромный выбивается из вида). - Экспериментальные настройки. Перенести в группу настроек (сейчас они в группе инструментов).
После переустановки seahorse значок стал цветным...
Дополнение: seahorse цветной, если искать поиском в меню. А если смотреть просто элементы в меню - тогда монохромный. Также, цветной, если смотреть в gnome-software. Вероятно, не хватает какого-то размера цветного значка. Также, прошу обратить внимание на значок для gedit - используется старая версия времен GNOME 2. Может, можно взять значок от gnome-text-editor?