Нельзя ли добавить в initscript пункт update?
Что этот пункт должен будет делать? Обновлять базу? В чем преимущество в сравнении с просто вызовом frshclam?
Да, просто обновлять базу. Преимущество в едином интерфейсе, не более того.
Пожелание реализовано в сборке clamav-0.81-alt1.rc1.