В /etc/X11/Xresources и /etc/X11/Xresources.$LOCALE находятся вредоносные ресурсы: *VT100*чтото, Aterm*чтото и Rxvt*чтото - все терминалы (xterm, aterm, rxvt) понимают ресурсы вида *VT100*. Aterm* и Rxvt* - лишнее дублирование. Vim*background: black Vim*foreground: lightyellow Vim*font: fixed GVim*font: -misc-fixed-medium-r-normal--15-*-*-*-*-*-koi8-r Эти ресурсы не нужны. Для консольной версии vim они не работают, для GUI версии цвета и фонт устанавливаются через родные конфиги vim'а. Тем более что Smth*smth - крайне жадная опция (Vim*background пытается установить цвет _ВСЕХ_ виджетов). Плюс путаница Vim*/GVim*.
I'll have a look.
Слегка вру. aterm и rxvt проверяют ресурсы в таком порядке: $name.res, Aterm/Rxvt.res и XTerm.res, где $name - аргумента опции -name. xterm в свою очередь имеет отдельный виджет XTerm.VT100 для отображения собственно терминального окна.
Дублирование оставил, vim убрал.