"Центр приложений" не находит поиском программы, которые спокойно ставятся через терминал. Например кодеки x264, x265,lame. Из крупных почему-то не находится пакет для верстки scribus. Соответственно и не все установленные программы и пакеты отображаются.
Центр приложений показывает только те пакеты, у которых есть данные в формате AppStream. Библиотеки не содержат таких файлов, но для программ, особенно с графическим интерфейсом и файлом .desktop, эта информация желательна. Думаю, лучше всего будет отправлять запросы разработчикам программ с просьбой добавить файл с метаданными, чтобы программа отображалась в центре приложений. Сейчас посмотрел scribus, у него в исходниках файл с информацией есть, буду смотреть почему не попал в appstream-data-desktop.
Думаю, лучше всего было бы вернуть Synaptic по дефолту, раз уж центр приложений столь избирателен.