Предлагаю удалить подпакет alterator-wizardface-usermode по причине того, что он имеет зависимость на consolehelper, который планируется удалить в будущем. Я не вижу смысла в переделывании обёртки на pkexec, так как не вижу необходимости запуска alterator-wizardface таким образом. alterator-wizardface все запускают напрямую: install2, alterator-setup, livecd-install.
Подготовил таск с NMU: #383489 EPERM #3 sisyphus alterator-wizardface.git=2.3-alt2