Действительно ли нужна зависимость на XFree86? Может достаточно XFree86-libs? Сейчас XFree86 провайдит виртуальный пакет xorg-x11, который сносится при удалении любого из ненужных видеодрайверов xorg... и таким образом сносится и grdesktop.
fixed in grdesktop-0.23-alt0.1.i586.rpm