Использовать папку vhosts.d для размещения конфигов виртуальных хостов. Ну и создать какую-нибудь папку в /var/www/... например vhosts.
угу
Fixed in 1.3.33rusPL30.20-alt3 (хотя надо бы ещё дефолтный туда перенести для полного счастья)