Предложение: Может стоит сделать скрипт который будет добавлять директорию /var/lib/flatpak/runtime/org.freedesktop.Platform.openh264 со всем ее содержимым, будет решение проблемы с openh264 для flatpak от Альт.
Установка org.freedesktop.Platform.ffmpeg-full является решением. Скачанные бинарей, собранные неизвестно как и неизвестно кем -- нет. В SuSE это решили размещением своих собранных бинарей на сайте cisco, но у нас такой возможности нет.
Я понял что мою идею реализовать не получится, по этой причине закрыл баг.