На мой взгляд, для управления кодировками вполне достаточно настройки конфигурации Apache. Steps to Reproduce: 1. Чистая установка apache 1.3.33rusPL30.20-alt1. 2. Чистая установка mod_php 4.3.9-alt0.cvs20040802.
исправлено в новой сборке.