Как было описано в баге (#56961).
Предлагаю отказаться от pid файла в пользу запуска proftpd не сервис режиме.
Если сделать сервис так:
proftpd.service:
[Unit]
Description=ProFTPD FTP Server
After=network.target

[Service]
Type=simple
ExecStart=/usr/sbin/proftpd -n

[Install]
WantedBy = multi-user.target


Где мы запускаем proftpd с флагом -n
proftpd будет держать сессию, и писать логи,
от чего сервис может корректно работать в типе simple. 

Достоинства:
Мы явно видим что делает сервис.
Мы не используем pid файл.
При stop мы гарантированно убиваем сервис с дочками.

Отказ от pid файла может предотвратить потенциальные ошибки в будущем.