В ActiveDirectory возможно настроить "Состояние GPO" для отключения объекта групповой политики. Вне зависимости от этих опций gpupdate применяет все найденные политики. Причина: gpupdate не обрабатывает поле структуры gpo.GROUP_POLICY_OBJECT options, которое и отвечает за эти параметры.
Ошибка не воспроизводится. После отключения групповой политики (GPO) новые изменения к объекту применяться не будут, но ранее применённые настройки на объекте останутся активными. Чтобы полностью деактивировать старые политики, нужно вручную отредактировать конфигурацию на объекте или применить/отключить их через другую GPO. Опция "Отключить в состоянии GPO" блокирует только свежие обновления для этого объекта — она не сбрасывает уже действующие правила.