LaTeX-овский пакет minted хочет запустить pygmentize, а из пакета python3-module-Pygments ставится pygmentize3. Такая же проблема с asciidoc описана в #50101.

Воспроизведение:

1. # apt-get install texlive-dist python3-module-Pygments

2. Создать sample.tex:

\documentclass{article} 
  \usepackage{minted}
\begin{document}
  \begin{minted}{text}
    Source code
  \end{minted}
\end{document}

3. xelatex --shell-escape sample.tex

Ожидаемый результат: создан sample.pdf.

Фактический результат (отформатировал для лучшей читаемости):

-----
(/usr/share/texmf-dist/tex/latex/minted/minted.sty(....))
which: no pygmentize in (/home/mvm/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/bin:/usr/games)
system returned with code 256

! Package minted Error: You must have `pygmentize' installed to use this package.

See the minted package documentation for explanation.
Type  H <return>  for immediate help.
-----

Если создать софтлинк ln -s /usr/bin/pygmentize3 ~/bin/pygmentize, pdf создаётся.