При установке нового софта, он перехватывает на себя привязку файлов, и сбивается настройка приложений по умолчанию. Например, при установке handbrake теперь видеофайлы по умолчанию открываются не в видеоплейере, а в handbrake, а при установке constrict - если вставить флешку и открыть ее по ярлыку на десктопе, откроется не файлменеджер, а constrict, и исправить это не представляется возможным. 
Ожидаемое поведение - установленные приложения регистрируют типы файлов, но не влияют на привязку приложений по умолчанию из настроек Gnome.