В справке к команде alteratorctl components содержится следующее пояснение: "Установленные вручную" пакеты — это пакеты, помеченные системой apt как manual. Данная метка означает, что пакет был установлен вручную. Получить список таких пакетов можно, выполнив команду apt-mark showmanual. Этот список содержит множество важных для работы системы пакетов, поэтому их удаление по умолчанию запрещено. Такое пояснение вводит пользователей в заблуждение. Т.к. пакеты, помеченные системой apt как manual, не обязательно были установлены вручную пользователем. Команда apt-mark showmanual выводит пакеты, помеченные КАК установленные вручную, то есть те, которые установлены явно, а не как зависимости других пакетов. Это не значит, что пакет был установлен вручную «человеком» — флаг мог быть выставлен, например, во время установки системы. Предложение по исправлению: «Установленные вручную» пакеты — это пакеты, помеченные системой apt как manual, то есть не считающиеся автоматически установленными зависимостями других пакетов. Получить список таких пакетов можно, выполнив команду apt-mark showmanual. Этот ...
Дополню: Как выяснилось, по умолчанию запрещено удаление не "установленных вручную пакетов", а неявное (по зависимостям) удаление пакетов, помеченных системой APT как установленные вручную (manual). Поэтому, кроме правки примечание, необходимо также поправить описание опции --allow-remove-manually. Текущее описание: Разрешить удаление установленных вручную пакетов. Использование этой опции может привести к случайному удалению пакетов, необходимых для работы системы Возможный вариант нового описания: Разрешить неявное (по зависимостям) удаление пакетов, помеченных системой APT как установленные вручную. Использование этой опции может привести к случайному удалению пакетов, необходимых для работы системы