При установке appengine-standard удаляется lib64 из google.__patch__:

# "python3 -c "import google; print(google.__path__)"
_NamespacePath(['/usr/lib/python3/site-packages/google'])

из за этого возникает ошибка при попытке импорта protobuf:
# python3 -c "import google.protobuf; print('OK')"
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
    import google.protobuf; print('OK')
    ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
ModuleNotFoundError: No module named 'google.protobuf'.

можно исправить проблему полностью удалив настройку ns из setup.py:
%prep 
...
sed -i 's/namespace_packages=\["google"\],//' setup.py

в таком случае пути остаются и импорты protobuf и appengine-standard работают:
python3 -c "import google; print(google.__path__)"
['/usr/lib64/python3/site-packages/google', '/usr/lib/python3/site-packages/google']