libclip-1.1.14-alt2 зависит от console-tools. Можно либо заменить зависимость console-tools --> console-tools_or_kbd (возможно, потребует редактирования скриптов для сокрытия зависимостей), либо просто пересобрать, когда kbd будет основным, а console-tools нет. kbd/console-tools друг друга заменяют. Они вскоре будут одновременно существовать в Sisyphus (а потом поддерживаться будет только kbd). Есть виртуальный пакет console-tools_or_kbd, который может быть использован для указания зависимости независимо от выбора одного из вариантов.
Я так понимаю, только пересборка, поскольку данный Requires формируется автоматически при сборке пакета, явно это не указано.
В libclip-1.1.14-alt3 вроде уже не требует.