Если во время ввода текста включить режим TeX и сразу после этого ввести двойную кавычку, то для кавычки сработает автоматическое преобразование и в блок Tex она не войдёт. Например, при вводе вида: слово [переключение в TeX] \"<слово\"> когда должно получиться слово2 в угловых кавычках, первая угловая кавычка не сформируется --- --- Очевидная ошибка: при включении режима TeX все автоматические преобразования должны отключаться.
Это исправлено в cvs, так что ждём следующего релиза.
Проверено, исправлено в lyx-1.3.3