Файл /etc/httpd/conf/nagios.conf содержит директивы Alias для /nagios/ и /nagios/cgi-bin/. Это не сразу бросается в глаза, и люди, привыкшие не добавлять trailing slash к имени каталога (как я) могут долго думать, почему http://localhost/nagios не работает, не пытаясь открыть http://localhost/nagios/ (как я :)
В очередной сборке учту.
поправлено в nagios-www-2.0-alt0.b3.1