Как оказалось, ругань вида "depmod: cannot read ELF header from /lib/modules/2.4.29-std-up-alt6/.versions/nvidia" считается ошибкой, в результате, например, mkinitrd считает, что depmod выполнился неуспешно, и прекращает работу. Необходимо добавить в пакет PreReq: modutils >= 2.4.27-alt4 (в этой сборке в стандартную конфигурацию добавлена строка "prune .versions").
Fixed in kernel-modules-nvidia-*-1.0.7174-alt3.*.