В соответствии со спецификацией XDG конфигурационные файлы должны располагаться в ~/.config, если иное не указано в $XDG_CONFIG_HOME. Предлагаю искать $HOME/.xkb как ${XDG_CONFIG_HOME:-$HOME/.config}/.xkb http://www.freesource.info/wiki/Standarts/XDGBaseDirectorySpecification
Я бы в порядке fallback всё же заглядывал в $HOME, если в $HOME/.config файл не найден. Хотя это расхолаживает.
Для начала вообще надо определиться с отношением к этому стандарту и его реализации. Действительно, 3-ю ступень было бы логично добавить, чтобы не иметь проблем с переносом конфигов. Иначе придётся скрипт писать, переносящий конфиги пользователя при логине.
При неиспользовании ~/.xkb (см. bug #9012) данная бага становится неактуальной.
неактуально
