Для архитектуры x86_64 библиотеки находятся в lib64 - соответственно, в случае существования, копировать и оттуда тоже. Просто определять архитектуру по запущенному ядру нельзя, т.к. многие компилируют только ядро для 64-битной архитектуры, а все программы и библиотеки используют стандартные, 32-битные.
Fixed in chrooted-0.3.4-alt1.