Если включить использование gtk-qt-engine получаем черные меню в GTK2 приложениях. По словам мантэйнера пересборка не помогла. Возможно баги в связи с новым gtk или xorg.
https://bugs.freedesktop.org/show_bug.cgi?id=4276
Исправлено в gtk-qt-engine-0.7-alt0.1cvs. Спасибо Алексею Морозову (morozov@).