У файли /etc/gnugk.ini стоят права для чтения и записи только для root. 
Пришлось потратить целый день, чтобы выяснить, что gnugk не работает корректно
именно из-за этого. К примеру, не слушает порт 1720 и вообще неадекватно себя
ведет. Судя по всему, после сброса привелегий (gnugk указан пользователь gnugk
для запуска в /etc/sysconfig/gnugk) он пытается еще раз прочитать файл gnugk.ini
и у него это не получается. 
Рекоменую создать группу gnugk и дать ей права на чтение файла gnugk.ini и на
все остальные /var/log/gnugk/ и прочее. Возможно, даже лучше права для группы на
запись сделать.