У файли /etc/gnugk.ini стоят права для чтения и записи только для root. Пришлось потратить целый день, чтобы выяснить, что gnugk не работает корректно именно из-за этого. К примеру, не слушает порт 1720 и вообще неадекватно себя ведет. Судя по всему, после сброса привелегий (gnugk указан пользователь gnugk для запуска в /etc/sysconfig/gnugk) он пытается еще раз прочитать файл gnugk.ini и у него это не получается. Рекоменую создать группу gnugk и дать ей права на чтение файла gnugk.ini и на все остальные /var/log/gnugk/ и прочее. Возможно, даже лучше права для группы на запись сделать.
Исправлено в gnugk-2.2.3-alt3