site-start файл /etc/emacs/site-start.d/subversion.el содержит строку (setq load-path (append load-path '("/usr/share/emacs/site-lisp/subversion"))) В этом нет необходимости - /usr/share/emacs/site-lisp/subdirs.el автоматически добавляет все вложенные каталоги в load-path. В результате load-path содержит "/usr/share/emacs/site-lisp/subversion" дважды.
Исправлено в subversion >= 1.3.0-alt0.1