Проявляется при смене server.document-root в конфиге - после reload отдаются документы из старого корня. Вмеcто -HUP нужно использовать -INT с последующим запуском, см. описание: http://blog.lighttpd.net/articles/2005/09/02/graceful-restart и пример: http://trac.lighttpd.net/trac/file/branches/lighttpd-merge-1.4.x/doc/rc.lighttpd?rev=686 lighttpd-1.4.3-alt1 Кстати, вышла уже версия 1.4.6
fixed in 1.4.8-alt1.