Неправильно работает изменение размера после обрезки изображения.
пример:

#!/usr/bin/perl

use Image::Magick;
my $i = new Image::Magick;
$i->Read("1.jpg"); #размер 1600х1200
$i->Crop(x=>0, y=>64, width=>1600, height=>1072); # обрезаем до 1600x1072
$i->Write("2.jpg");
$i->Resize( "geometry" => "300x300" ); # должен быть ~ 300x200
$i->Write("3.jpg");
$i->Resize("100x100"); #должен быть ~ 100х67
$i->Write("4.jpg");

На выходе:
$ identify 2.jpg 3.jpg 4.jpg
2.jpg JPEG 1600x1072 DirectClass 695kb
3.jpg[1] JPEG 300x225 DirectClass 49kb
4.jpg[2] JPEG 100x84 DirectClass 16kb