make-3.81rc1-alt2 страдает несовместимостью с системой сборки ядер 2.6.x из-за изменения в обработке переменной $? (при вызове make всегда пересобирается всё). В CVS это изменение уже откатили - отложили до следующего релиза.
Да, я в курсе, скоро обновлю make.
Fixed in make-3.81rc1-alt3.