После установки в /etc/security/limits.conf * hard nofile 1025 пользователей перестаёт пускать по ssh. (при ограничении меньше 1025 - пускает).
А причём тут sshd? Если pam session management выполняется не от рута, то прав увеличить лимиты нет. В новой версии, вероятно, pam session management выполняется от рута, так что осталось дождаться новой версии openssh. А пока что можно запускать сам sshd с бОльшими лимитами.
Каким образом запускать sshd с бОльшими лимитами? Где устанавливаются первоначальные лимиты (до pam_limits)?
Эти лимиты наследуются при fork и execve. При старте лимиты наследуются у rc.sysinit, при рестарте - у того, кто запускает скрипт.
Fixed in pam-config-1.4.0-alt1/openssh-4.6p1-alt1.