При автомонтировании (и не только) устройств с файловой системой VFAT
монтирование их происходит с опцией 'shortname=lower', предлагаю сменить на
'shortname=mixed' для сохраниения неизменными имен файлов при копировании с/на VFAT.
 Не знаю как другие, но лично я вижу зло в переводе имен 
файлов и каталогов в нижний регистр - при копировании на файловые системы, 
чувствительные к регистру (например, ext2(3) ), имена файлов меняются, и при 
этом нередко - дублируются (т.е. при наличии в каталоге файла с именем в 
верхнем регистре скопируется тот же файл, но уже в нижнем), что особенно 
заметно, скажем, при копировании большого числа фотографий с карт памяти 
цифровых фотоаппаратов.