В /etc/profile написано:

for f in /etc/profile.d/*.sh; do
         if [ -f "$f" -a -r "$f" -a -x "$f" -a -s "$f" -a ! -L "$f" ]; then
                 . "$f" &> /tmp/fff
         fi
done

В результате симлинки пропускаются, что сказывается, например, на
фукционировании /etc/profile.d/j2se.sh. Фрагмент из переписки в sisyphus@ :

On Monday 10 July 2006 14:14, Eugene Prokopiev wrote:

>> Теперь главный вопрос: как сделать, чтоб после логина пользователя
>> он видел бы в переменной JAVA_HOME /usr/lib/j2se1.5-sun.


[ skiped ]


>>      if [ -f "$f" -a -r "$f" -a -x "$f" -a -s "$f" -a ! -L "$f" ];


[ skiped ]


>> Т.е. выпадают ссылки, ведущие наружу. Вопрос: что делает if в
>> profile, делает ли он это правильно (что тогда неправильно?) или
>> нет


Это из-за условия -a ! -L "$f", что означает "и если $f не ссылка". То 
есть выпадают все ссылки (не только ведущие наружу). Судя по:

>> $ ls -la /etc/profile.d
>> -rwxr-xr-x  1 root root 1569 May 18 13:03 0lang.csh
>> -rwxr-xr-x  1 root root 1792 May 18 13:03 0lang.sh
>> lrwxrwxrwx  1 root root    9 May 18 13:03 lang.csh -> 0lang.csh
>> lrwxrwxrwx  1 root root    8 May 18 13:03 lang.sh -> 0lang.sh


...игнорирование ссылок сделано, чтоб повторно не обрабатывать файл, 
на который там же есть ссылка. Зачем в /etc/profile.d лежат и файлы, 
и ссылки на них - хз.


>>  (как тогда исправить?)

Проще всего переделать условие на:
    if [ -f "$f" -a -r "$f" -a -x "$f" -a -s "$f" ]

Но не забыть поудалять ссылки, указывающие на файлы, лежащие в том же 
директории. Или убрать из таких ссылок или из самих файлов 
расширение .sh