Для php5-5.2.5-alt1: $ echo '<?php phpinfo(); ?>'| /usr/bin/php | grep 'php.ini' Configuration File (php.ini) Path => /etc Поскольку php.ini для CLI-версии лежит в /etc/php/5.2.5/cli/, то /usr/bin/php (молча) запускается с параметрами по-умолчанию. С 5.2.7.20080627-alt1 из Sisyphus всё нормально.
Все баги на пакеты в бранче должны вешаться на ответственных за бранч. Мантейнеры не заинтересованы в поддержке сторонних продуктов на базе Сизифа.
Хорошо, пусть дополнительно будет в списке ошибок ветки 4.1.
