Bug 38180 - Не удаётся обновить модуль virtualbox
Summary: Не удаётся обновить модуль virtualbox
Status: CLOSED WORKSFORME
Alias: None
Product: Branch p9
Classification: Distributions
Component: update-kernel (show other bugs)
Version: не указана
Hardware: x86_64 Linux
: P5 critical
Assignee: qa-team@altlinux.org
QA Contact: qa-p9@altlinux.org
URL:
Keywords:
Depends on:
Blocks:
 
Reported: 2020-03-03 18:59 MSK by Valery Sinelnikov
Modified: 2020-03-10 12:28 MSK (History)
9 users (show)

See Also:

Attachments
update kernel logs (8.89 KB, text/x-log)
2020-03-04 11:28 MSK, Sergey Novikov 		no flags Details
update-kernel with obsoletes (114.04 KB, text/plain)
2020-03-04 21:28 MSK, Valery Sinelnikov 		no flags Details
View All Add an attachment (proposed patch, testcase, etc.)

Note You need to log in before you can comment on or make changes to this bug.
Description Valery Sinelnikov 2020-03-03 18:59:06 MSK 
При обновлении ядра с модулями нового virtualbox (новые пакеты добавлены из таски 246690) возникает конфликт:

# update-kernel 
Running kernel version: kernel-image-std-def-1:4.19.79-alt1
Checking for available kernel packages...
пакет kernel-image-std-def-1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191 не установлен
Try to install new kernel kernel-image-std-def-1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191 and update its modules [y]/n? 
update-kernel: kernel-modules-bcmwl is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-drm-ancient is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-drm-nouveau is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-drm-radeon is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-drm is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-e1000e is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-rtl8723de is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-rtl8821ce is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-staging is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-v4l is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-virtualbox-addition is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-virtualbox-addition is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-virtualbox is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-virtualbox is installed, trying to update...
Чтение списков пакетов... Завершено
Построение дерева зависимостей... Завершено
Некоторые пакеты установить невозможно. Это может означать, что Вы
потребовали невозможного, либо пользуетесь нестабильным репозиторием.
Часть необходимых пакетов либо ещё не создана, либо была удалена
из каталога 'Входящие'.
Эти сведения могут помочь найти выход из ситуации:

Следующие пакеты имеют неудовлетворенные зависимости:
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179: Конфликтует: kernel-modules-virtualbox-addition-4.19.102-std-def-alt1 (> 5.2.34-alt1.267110.1:z)
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.360.4.1@1582817814: Конфликтует: kernel-modules-virtualbox-addition-4.19.102-std-def-alt1 (< 6.1.4-alt2.267110.1)
  kernel-modules-virtualbox-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3300.1.1@1580940248: Конфликтует: kernel-modules-virtualbox-4.19.102-std-def-alt1 (> 5.2.34-alt1.267110.1:z)
  kernel-modules-virtualbox-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.160.4.1@1582817703: Конфликтует: kernel-modules-virtualbox-4.19.102-std-def-alt1 (< 6.1.4-alt2.267110.1)
E: Извините, `битые' пакеты
update-kernel: failed to install kernel-image-std-def-1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191 with modules

Ошибка возникает из-за попытки update-kernel установить одновременно и старой, и новой версий модулей ядра virtualbox:

# /bin/bash -x update-kernel
...

++ apt-cache whatdepends kernel-image-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191
+ ALLMODULES='  kernel-modules-accel-ppp-std-def#1.12.0-alt1.267110.1:p9+245567.300.1.1@1580939001
  kernel-modules-acpi_call-std-def#0.1-alt5.k.267110.1:p9+245567.400.1.1@1580939036
  kernel-modules-bbswitch-std-def#0.8-alt1.k.267110.1:p9+245567.500.1.1@1580939071
  kernel-modules-bcmwl-std-def#6.30.223.248-alt15.k.267110.1:p9+245567.600.1.1@1580939110
  kernel-modules-ch34x-std-def#20180821-alt1.267110.1:p9+245567.700.1.1@1580939146
  kernel-modules-dm-secdel-std-def#1.0.3-alt1.267110.1:p9+245567.1000.1.1@1580939178
  kernel-modules-drm-ancient-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642
  kernel-modules-drm-nouveau-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642
  kernel-modules-drm-radeon-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642
  kernel-modules-drm-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642
  kernel-modules-e1000e-std-def#3.4.2.1-alt2.267110.1:p9+245567.1100.1.1@1580939224
  kernel-modules-ide-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642
  kernel-modules-ipset-std-def#7.3-alt3.267110.1:p9+245567.1200.1.1@1580939304
  kernel-modules-ipt_netflow-std-def#2.3-alt1.k.267110.1:p9+245567.1500.1.1@1580939435
  kernel-modules-ipt-ratelimit-std-def#0.3-alt2.k.267110.1:p9+245567.1300.1.1@1580939339
  kernel-modules-ipt-so-std-def#1.0-alt4.267110.1:p9+245567.1400.1.1@1580939400
  kernel-modules-ixgbe-std-def#5.6.3-alt1.267110.1:p9+245567.1600.1.1@1580939470
  kernel-modules-kvdo-std-def#6.2.2.18-alt1.267110.1:p9+245567.1700.1.1@1580939543
  kernel-modules-LiME-std-def#1.8.1-alt1.267110.1:p9+245567.200.1.1@1580938963
  kernel-modules-linux-gpib-std-def#4.2.0-alt3.267110.1:p9+245567.2000.1.1@1580939600
  kernel-modules-lsadrv-std-def#1:1.2.3-alt4.267110.1:p9+245567.2100.1.1@1580939634
  kernel-modules-ndpi-std-def#2.6-alt2.267110.1:p9+245567.2200.1.1@1580939699
  kernel-modules-nvidia-std-def#440.59-alt1.267110.1:p9+245594.700.3.1@1582043376
  kernel-modules-nxp-pn71xx-getmobit-std-def#1.4-alt1.267110.1:p9+245567.2400.1.1@1580939869
  kernel-modules-r8168-std-def#8.047.05-alt1.k.267110.1:p9+245567.2500.1.1@1580939914
  kernel-modules-rtl8723de-std-def#5.1.1.8-alt13.267110.1:p9+245567.2600.1.1@1580940001
  kernel-modules-rtl8821ce-std-def#5.5.2-alt1.267110.1:p9+245567.2700.1.1@1580940039
  kernel-modules-staging-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642
  kernel-modules-tripso-std-def#1.0-alt1.k.267110.1:p9+245567.3000.1.1@1580940072
  kernel-modules-v4l-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642
  kernel-modules-vhba-std-def#20190410-alt1.k.267110.1:p9+245567.3100.1.1@1580940106
  kernel-modules-virtualbox-addition-guest-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.360.4.1@1582817814
  kernel-modules-virtualbox-addition-video-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179
  kernel-modules-virtualbox-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3300.1.1@1580940248
  kernel-modules-virtualbox-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.160.4.1@1582817703
  kernel-modules-wireguard-std-def#0.0.20191219-alt1.267110.1:p9+245567.3400.1.1@1580940283
  kernel-modules-xtables-addons-std-def#3.7-alt1.267110.1:p9+245567.3500.1.1@1580940332
  kernel-modules-zfs-std-def#0.8.2-alt2.267110.1:p9+245567.3600.1.1@1580940574'
...
apt-get install -y kernel-image-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191 kernel-modules-bcmwl-std-def#6.30.223.248-alt15.k.267110.1:p9+245567.600.1.1@1580939110 kernel-modules-drm-ancient-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 kernel-modules-drm-nouveau-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 kernel-modules-drm-radeon-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 kernel-modules-drm-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 kernel-modules-e1000e-std-def#3.4.2.1-alt2.267110.1:p9+245567.1100.1.1@1580939224 kernel-modules-rtl8723de-std-def#5.1.1.8-alt13.267110.1:p9+245567.2600.1.1@1580940001 kernel-modules-rtl8821ce-std-def#5.5.2-alt1.267110.1:p9+245567.2700.1.1@1580940039 kernel-modules-staging-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 kernel-modules-v4l-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179 kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.360.4.1@1582817814 kernel-modules-virtualbox-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3300.1.1@1580940248 kernel-modules-virtualbox-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.160.4.1@1582817703
...

Вручную эта проблема также воспроизводиться:

# apt-get install -y kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179 kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.360.4.1@1582817814
Чтение списков пакетов... Завершено
Построение дерева зависимостей... Завершено
Некоторые пакеты установить невозможно. Это может означать, что Вы
потребовали невозможного, либо пользуетесь нестабильным репозиторием.
Часть необходимых пакетов либо ещё не создана, либо была удалена
из каталога 'Входящие'.
Эти сведения могут помочь найти выход из ситуации:

Следующие пакеты имеют неудовлетворенные зависимости:
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179: Конфликтует: kernel-modules-virtualbox-addition-4.19.102-std-def-alt1 (> 5.2.34-alt1.267110.1:z)
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.360.4.1@1582817814: Конфликтует: kernel-modules-virtualbox-addition-4.19.102-std-def-alt1 (< 6.1.4-alt2.267110.1)
E: Извините, `битые' пакеты


При этом, по-отдельности модули устанавливаются и обновляются:

# apt-get install -y kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179
[sudo] password for test3:
Чтение списков пакетов... Завершено
Построение дерева зависимостей... Завершено
Следующие дополнительные пакеты будут установлены:
  kernel-image-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191
Следующие НОВЫЕ пакеты будут установлены:
  kernel-image-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179
0 будет обновлено, 2 новых установлено, 0 пакетов будет удалено и 261 не будет обновлено.
Необходимо получить 0B/45,4MB архивов.
После распаковки потребуется дополнительно 228MB дискового пространства.
Совершаем изменения...
Подготовка...                           ############ [100%]
Обновление / установка...
1: kernel-image-std-def-1:4.19.102-alt1 ############ [ 50%]
test3@host-156 ~ $ sudo apt-get install -y kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.360.4.1@1582817814
Чтение списков пакетов... Завершено
Построение дерева зависимостей... Завершено
Следующие дополнительные пакеты будут установлены:
  virtualbox-guest-common
Следующие НОВЫЕ пакеты будут установлены:
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.360.4.1@1582817814 virtualbox-guest-common
0 будет обновлено, 2 новых установлено, 0 пакетов будет удалено и 261 не будет обновлено.
Необходимо получить 198kB архивов.
После распаковки потребуется дополнительно 885kB дискового пространства.
Получено: 1 http://git.altlinux.org repo/246690/x86_64/task virtualbox-guest-common 6.1.4-alt1:p9+246690.100.4.1@1582816693 [20,4kB]
Получено: 2 http://git.altlinux.org repo/246690/x86_64/task kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.360.4.1@1582817814 6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.360.4.1@1582817814 [178kB]
Получено 198kB за 0s (439kB/s).                                                                               
Совершаем изменения...
Подготовка...                           ############ [100%]
Обновление / установка...
1: virtualbox-guest-common-6.1.4-alt1   ############ [ 50%]
2: kernel-modules-virtualbox-addition-st############ [100%]
Завершено.

Вероятно, проблема не в самом update-kernel, а в apt.
Comment 1 Anton Farygin 2020-03-04 11:01:35 MSK 
Этот коммит должен был чинить данную проблему в update-kernel:
http://git.altlinux.org/gears/u/update-kernel.git?p=update-kernel.git;a=commitdiff;h=4d442fd10f1a6d1b458c24e8c1d1ff519346b43e

У вас какая версия update-kernel установлена ?
Comment 2 Sergey Novikov 2020-03-04 11:28:14 MSK 
Created attachment 8646 [details]
update kernel logs
Comment 3 Sergey Novikov 2020-03-04 11:29:01 MSK 
Проверил обновление ядра до таска, все прошло хорошо.
Шаги проверки:
1. Установить систему
2. Выполнить: # apt-get update
3. Выполнить: # apt-get dist-upgrade
4. Выполнить: # apt-repo add 246690
5. Выполнить: # apt-get update
6. Выполнить: # update-kernel

Логи обновления в приложенном файле.
Comment 4 Valery Sinelnikov 2020-03-04 21:28:09 MSK 
Created attachment 8648 [details]
update-kernel with obsoletes

Действительно, после обновления update-kernel эта проблема решается.

Но для текушей сборки модуля virtualbox-addition имеется еще одна проблема связанная с удалением устаревших пакетов (obsoletes):
- kernel-modules-virtualbox-addition-video-std-def
- kernel-modules-virtualbox-addition-guest-std-def

Лог установки прилагаю. Суть проблемы в том, что update-kernel не высчитывает, что это пакеты устаревшие и пытается установить их в общем наборе.

# update-kernel -f                                                                                                                                                                                      
Running kernel version: kernel-image-std-def-1:4.19.79-alt1                                                                                                                                                        
Checking for available kernel packages...                                                                                                                                                                          
Try to install new kernel kernel-image-std-def-1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191 and update its modules [y]/n? yes                                                                                      
update-kernel: kernel-modules-bcmwl is installed, trying to update...                                                                                                                                              
update-kernel: kernel-modules-drm-ancient is installed, trying to update...                                                                                                                                        
update-kernel: kernel-modules-drm-nouveau is installed, trying to update...                                                                                                                                        
update-kernel: kernel-modules-drm-radeon is installed, trying to update...                                                                                                                                         
update-kernel: kernel-modules-drm is installed, trying to update...                                                                                                                                                
update-kernel: kernel-modules-e1000e is installed, trying to update...                                                                                                                                             
update-kernel: kernel-modules-rtl8723de is installed, trying to update...                                                                                                                                          
update-kernel: kernel-modules-rtl8821ce is installed, trying to update...                                                                                                                                          
update-kernel: kernel-modules-staging is installed, trying to update...                                                                                                                                            
update-kernel: kernel-modules-v4l is installed, trying to update...                                                                                                                                                
update-kernel: kernel-modules-virtualbox-addition-guest is installed, trying to update...                                                                                                                          
update-kernel: kernel-modules-virtualbox-addition is installed, trying to update...                                                                                                                                
update-kernel: kernel-modules-virtualbox-addition is installed, trying to update...                                                                                                                                
update-kernel: kernel-modules-virtualbox-addition-video is installed, trying to update...                                                                                                                          
update-kernel: kernel-modules-virtualbox is installed, trying to update...                                                                                                                                         
update-kernel: kernel-modules-virtualbox is installed, trying to update...                                                                                                                                         
Чтение списков пакетов... Завершено                                                                                                                                                                                
Построение дерева зависимостей... Завершено                                                                                                                                                                        
Последняя версия kernel-image-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191 уже установлена.                                                                                                                
Последняя версия kernel-modules-bcmwl-std-def#6.30.223.248-alt15.k.267110.1:p9+245567.600.1.1@1580939110 уже установлена.                                                                                          
Последняя версия kernel-modules-drm-ancient-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 уже установлена.                                                                                                  
Последняя версия kernel-modules-drm-nouveau-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 уже установлена.                                                                                                  
Последняя версия kernel-modules-drm-radeon-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 уже установлена.                                                                                                   
Последняя версия kernel-modules-drm-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 уже установлена.                                                                                                          
Последняя версия kernel-modules-e1000e-std-def#3.4.2.1-alt2.267110.1:p9+245567.1100.1.1@1580939224 уже установлена.                                                                                                
Последняя версия kernel-modules-rtl8723de-std-def#5.1.1.8-alt13.267110.1:p9+245567.2600.1.1@1580940001 уже установлена.                                                                                            
Последняя версия kernel-modules-rtl8821ce-std-def#5.5.2-alt1.267110.1:p9+245567.2700.1.1@1580940039 уже установлена.                                                                                               
Последняя версия kernel-modules-staging-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 уже установлена.                                                                                                      
Последняя версия kernel-modules-v4l-std-def#1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580938642 уже установлена.                                                                                                          
Последняя версия kernel-modules-virtualbox-addition-guest-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179 уже установлена.                                                                              
Последняя версия kernel-modules-virtualbox-addition-video-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179 уже установлена.                                                                              
Следующие пакеты будут УДАЛЕНЫ:                                                                                                                                                                                    
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3200.1.1@1580940179                                                                                                                    
  kernel-modules-virtualbox-std-def#5.2.34-alt1.267110.1:p9+245567.3300.1.1@1580940248                                                                                                                             
Следующие НОВЫЕ пакеты будут установлены:                                                                                                                                                                          
  kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt3.267110.1:p9+246690.440.7.1@1583332106                                                                                                                      
  kernel-modules-virtualbox-std-def#6.1.4-alt2.267110.1:p9+246690.160.4.1@1582817703                                                                                                                               
0 будет обновлено, 2 новых установлено, 2 пакетов будет удалено и 0 не будет обновлено.                                                                                                                            
Необходимо получить 0B/346kB архивов.                                                                                                                                                                              
После распаковки потребуется дополнительно 748kB дискового пространства.                                                                                                                                           
        kernel-modules-virtualbox-addition-video-std-def is obsoleted by kernel-modules-virtualbox-addition-std-def-6.1.4-alt3.267110.1.x86_64                                                                     
        kernel-modules-virtualbox-addition-guest-std-def is obsoleted by kernel-modules-virtualbox-addition-std-def-6.1.4-alt3.267110.1.x86_64                                                                     
E: Проверка группы транзакций не удалась                                                                 
update-kernel: failed to install kernel-image-std-def-1:4.19.102-alt1:p9+245567.100.1.1@1580998191 with modules
Comment 5 Valery Sinelnikov 2020-03-04 23:58:22 MSK 
Разделил модули virtualbox по подпакетам: 

Записан: /home/greh/RPM/SRPMS/kernel-modules-virtualbox-addition-un-def-6.1.4-alt6.328717.1.src.rpm
Записан: /home/greh/RPM/RPMS/x86_64/kernel-modules-virtualbox-addition-un-def-6.1.4-alt6.328717.1.x86_64.rpm
Записан: /home/greh/RPM/RPMS/x86_64/kernel-modules-virtualbox-addition-video-un-def-6.1.4-alt6.328717.1.x86_64.rpm
Записан: /home/greh/RPM/RPMS/x86_64/kernel-modules-virtualbox-addition-guest-un-def-6.1.4-alt6.328717.1.x86_64.rpm

Теперь модули virtualbox-addition совместимы с текущим update-kernel.
Comment 6 Aleksei Nikiforov 2020-03-10 10:42:58 MSK 
Сегодня столкнулся с данной проблемой на Сизифе с std-def ядром:

# update-kernel 
Running kernel version: kernel-image-std-def-1:5.4.23-alt1
Checking for available kernel packages...
пакет kernel-image-std-def-1:5.4.24-alt1:sisyphus+247423.140.2.1@1583496727 не установлен
Try to install new kernel kernel-image-std-def-1:5.4.24-alt1:sisyphus+247423.140.2.1@1583496727 and update its modules [y]/n? y
update-kernel: kernel-modules-bbswitch is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-bcmwl is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-drm-radeon is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-drm is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-nvidia is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-staging is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-v4l is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-virtualbox-addition is installed, trying to update...
update-kernel: kernel-modules-virtualbox is installed, trying to update...
Чтение списков пакетов... Завершено
Построение дерева зависимостей... Завершено
Следующие дополнительные пакеты будут установлены:
  kernel-modules-virtualbox-addition-guest-std-def#6.1.4-alt5.328728.1:sisyphus+247423.3400.2.1@1583498873 kernel-modules-virtualbox-addition-video-std-def#6.1.4-alt5.328728.1:sisyphus+247423.3400.2.1@1583498873
Следующие НОВЫЕ пакеты будут установлены:
  kernel-image-std-def#1:5.4.24-alt1:sisyphus+247423.140.2.1@1583496727 kernel-modules-bbswitch-std-def#0.8-alt1.k.328728.1:sisyphus+247423.500.2.1@1583497230
  kernel-modules-bcmwl-std-def#6.30.223.248-alt17.328728.1:sisyphus+247423.600.2.1@1583497285 kernel-modules-drm-radeon-std-def#1:5.4.24-alt1:sisyphus+247423.140.2.1@1583496727
  kernel-modules-drm-std-def#1:5.4.24-alt1:sisyphus+247423.140.2.1@1583496727 kernel-modules-nvidia-std-def#440.59-alt1.328728.1:sisyphus+247423.2400.2.1@1583498329
  kernel-modules-staging-std-def#1:5.4.24-alt1:sisyphus+247423.140.2.1@1583496727 kernel-modules-v4l-std-def#1:5.4.24-alt1:sisyphus+247423.140.2.1@1583496727
  kernel-modules-virtualbox-addition-guest-std-def#6.1.4-alt5.328728.1:sisyphus+247423.3400.2.1@1583498873 kernel-modules-virtualbox-addition-std-def#6.1.4-alt5.328728.1:sisyphus+247423.3400.2.1@1583498873
  kernel-modules-virtualbox-addition-video-std-def#6.1.4-alt5.328728.1:sisyphus+247423.3400.2.1@1583498873 kernel-modules-virtualbox-std-def#6.1.4-alt2.328728.1:sisyphus+247423.3500.2.1@1583498967
0 будет обновлено, 12 новых установлено, 0 пакетов будет удалено и 0 не будет обновлено.
Необходимо получить 0B/83,6MB архивов.
После распаковки потребуется дополнительно 374MB дискового пространства.
        kernel-modules-virtualbox-addition-video-std-def is obsoleted by (установлен) kernel-modules-virtualbox-addition-std-def-6.1.4-alt2.328727.1.x86_64
        kernel-modules-virtualbox-addition-guest-std-def is obsoleted by (установлен) kernel-modules-virtualbox-addition-std-def-6.1.4-alt2.328727.1.x86_64
E: Проверка группы транзакций не удалась
update-kernel: failed to install kernel-image-std-def-1:5.4.24-alt1:sisyphus+247423.140.2.1@1583496727 with modules

# rpm -qa | egrep -i 'virtualbox|vbox' | sort
kernel-modules-virtualbox-addition-std-def-5.2.24-alt1.265826.1.x86_64
kernel-modules-virtualbox-addition-std-def-6.1.4-alt2.328727.1.x86_64
kernel-modules-virtualbox-std-def-5.2.24-alt1.265826.1.x86_64
kernel-modules-virtualbox-std-def-6.1.2-alt1.328723.1.x86_64
kernel-modules-virtualbox-std-def-6.1.2-alt1.328725.1.x86_64
kernel-modules-virtualbox-std-def-6.1.4-alt2.328727.1.x86_64
virtualbox-common-6.1.4-alt1.x86_64
virtualbox-guest-common-6.1.4-alt1.x86_64
virtualbox-guest-utils-6.1.4-alt1.x86_64

# rpm -q kernel-modules-virtualbox-addition-std-def --obsoletes
kernel-modules-vboxsf-std-def
kernel-modules-vboxsf-std-def
kernel-modules-virtualbox-addition-video-std-def
kernel-modules-virtualbox-addition-guest-std-def

Планируется ли исправление для Сизифа и нужно ли повесить отдельную багу?
Comment 7 Evgeny Sinelnikov 2020-03-10 12:03:22 MSK 
Для Сизифа эта проблема требует ручного вмешательства из-за того, что установленные модули virtualbox-addition делают устаревшими не только старые, но и новые пакеты. 

Это моя ошибка. Для корректной работы нужно удалить все virtualbox-additions модули, в которых имеется obsoletes без версии. А затем установить новые версии из Сизифа выше 6.1.4-alt5.
Comment 8 Evgeny Sinelnikov 2020-03-10 12:28:34 MSK 
Для хостовых машин, установленные модули virtualbox-additions - вообще, лишняя обуза. Дань универсальности образов, дабы эти образы могли ставится как на хосте, так и на госте.

Поэтому на хостовых машинах достаточно просто удалить лишние пакеты kernel-modules-virtualbox-additions-FLAVOUR.

Главное неудобство возникает с гостевыми виртуалками на Сизифе, в которых, действительно, используются vboxsf и vboxvideo. В них пока придется пакеты kernel-modules-virtualbox-additions-FLAVOUR удалить и поставить заново.

В более общих случаях на гостевых виртуалках "ядерный" модуль vboxguest входит в состав ядра, а "ядерный" модуль vboxvideo (на новых сизифных ядрах) в пакет kerenel-modules-drm-FLAVOUR. Поэтому тут тоже достаточно удалить пакеты с модулями virtualbox-additions и остаться на "ядерных".